תוכנית המחקר
במשך תקופת הניסיון (בדרך כלל ב-12 החודשים הראשונים ללימודים) יחליט המועמד, בהתייעצות עם מדריכו, על הנושא של עבודת הדוקטור ויכתוב תוכנית מחקר.

מועד הגשת תוכנית המחקר
תוכנית זו תוגש למזכירות המדרשה לא יאוחר מתום שנה אחת לתחילת לימודי הדוקטור. אם בתום שנה זו לא הוגשה תוכנית המחקר ולא הוגשה בקשה להארכה (לפחות חודש לפני מועד ההגשה המקורי), או אם בקשה זו נדחתה ע"י דיקן המדרשה, יופסקו לימודיו של התלמיד. תלמידי המדרשה יכולים לברר את תאריך היעד האישי (deadline) להגשת תוכנית המחקר באמצעות שירות מקוון.

אופן הגשת תוכנית המחקר

	בשפה האנגלית (למעט בהוראת המדעים)
	גופן: Times New Roman, גודל 12, במרווח שורות של 1.5
	חתומה ע"י המדריך (אפשרית גם חתימה באמצעות הדוא"ל או הפקס)
	בשני עותקים (מהודקים בסיכות) + עותק ע"ג תקליטור
	לתוכנית יצורף תקציר (חצי עמוד)
	היקף התוכנית לא יעלה על 10 עמודים (לא כולל תמונות וגרפים, המופיעים בגוף ההצעה, וביבליוגרפיה).
	חובה להגיש בהדפסה דו-צדדית

מבנה תוכנית המחקר

					דף כותרת		דף כותרת בלהצעת מחקר במסלול הישיר
	תקציר (עד עמוד אחד)
	נושא המחקר אשר בו מתעתד התלמיד לעסוק
	דיון על הרקע המדעי
	מטרות העבודה
	השיטות אשר באמצעותן מתכוון התלמיד לחקור את הבעיות המוצעות על ידו
	רשימת הספרות הנוגעת לנושא

הבחינה על תוכנית המחקר
יו"ר ועדת ההוראה ימנה ועדת בוחנים בת שני מדענים לפחות אשר יראיינו את התלמיד ויבחנו את התוכנית, כמו גם את כושרו של התלמיד לבצעה ואת ידיעותיו הכלליות בתחום המחקר המוצע. הבחינה תתקיים ללא נוכחות המנחה/מנחים. הבוחנים ימליצו בכתב בפני ועדת ההוראה אם התלמיד ראוי להמשיך בלימודיו ואם התוכנית ראויה לאישור. בהחלטתם יתבססו הבוחנים על רמתו של התלמיד, רמתה של העבודה המוצעת ועל אפשרות סיום המחקר בתוך תקופת הזמן המוקצבת לעבודת הדוקטור. אם ימצאו צורך, ימליצו הבוחנים על שינויים בתוכנית העבודה, בלוח הזמנים ובחובות ההשתתפות בקורסים.

אישור תוכנית המחקר
המלצות הבוחנים יחד עם חוות הדעת של יו"ר ועדת ההוראה יובאו לאישורו של דיקן המדרשה. עם אישורה של התוכנית ע"י הדיקן יהיה התלמיד במעמד של תלמיד שנה ב'. שינוי המעמד יחול מהחודש העוקב להגשת התוכנית. אם התוכנית לא תאושר, ועדת ההוראה תעביר לדיקן המדרשה חוות דעת לגבי המשך לימודיו של התלמיד.